1、《命运石之门》结局是冈部最后不愿意再牺牲回忆，最终真由理死在了CM会场。最后琉华子和冈部一起背负着这个罪孽活下去，冈部也没有再被SERN为难，二人结婚生子。
2、结局：如果回到β世界线上就会死的红莉栖也沉浸在纠结之中，但她知道真由理在伦太郎心中是多么的重要和无法替代，劝说伦太郎拯救真由理（即进行世界线跳跃），觉察到心意的伦太郎于红莉栖表白，红莉栖在伦太郎表明心意后与伦太郎深情相拥。
3、α线：上铃羽结局：凶真和铃羽一起回到1975年。琉华结局：真由里死去，凶真带着愧疚和琉华一起生活，结婚生子。菲利斯结局：菲利斯的父亲没死，凶真在这条线上，变的除了菲利斯之外和其他人没有了联系（甚至真由里和桶子都没和凶真认识），所以也就没了时间跳跃机器，无法再次改变世界线。
4、菲利斯结局：冈部没有选择牺牲菲利斯父亲来救真由理，他发出了一条全新D-mail。世界线变动率变为负值。在这条全新世界线上，菲利斯与冈部是情侣，菲利斯的父亲、真由理、包括助手都没死，但是冈部的人际关系发生了巨大变化（他和桶子不再是朋友，也不认识真由理）。
助手结局：冈部知道为了救珍由理，他必须在被他推到之前牺牲他的助手。两人感情确定后，刀助理计划返回美国。当Okabe决定按delete键时，助手会出现并向Okabe确认（未完成）。冈部跳回到beta线。
游戏中一共有 6 条路线，前 5 条是普通结局，最后是真结局（TV版结局），当然可以直接打真结局，不过还是建议看完所有的结局后再玩真结局，原因就不说了，玩过就会明白。
特殊TIPS回收：在街上的时候，红莉栖的来电，不要马上接听。 特殊TIPS回收：在LAB里的时候，红莉栖的来电，不去接听。 在LAB对于魔笛的调查后，给真帆打电话 。一般全路线完成的话，就基本收齐了，下面两个比较容易漏掉。与真帆取得联络之后，回应Amadeus的联络 。
结局：如果回到β世界线上就会死的红莉栖也沉浸在纠结之中，但她知道真由理在伦太郎心中是多么的重要和无法替代，劝说伦太郎拯救真由理（即进行世界线跳跃），觉察到心意的伦太郎于红莉栖表白，红莉栖在伦太郎表明心意后与伦太郎深情相拥。
《命运石之门》动画的最终结局是胸针为了救助红莉栖而跳入时光机，回到了世界线，但是在这个过程中他意识到即使他回到了世界线，也无法改变红莉栖已经死亡的事实。于是，他选择继续向前，寻找其他的可能性。
《命运石之门》结局是冈部最后不愿意再牺牲回忆，最终真由理死在了CM会场。最后琉华子和冈部一起背负着这个罪孽活下去，冈部也没有再被SERN为难，二人结婚生子。
共6个结局，牧濑红莉栖、椎名真由理、阿万音铃羽、菲利斯、秋叶留未穂各一个结局还有最后的真结局。私密镜里的圣痕 BAD END 结局：秋叶原恐怖攻击中头盔女死亡，真帆生存，真有理&铃羽失踪，桶子决定开发时间机器，冈部没有找到答案。
真结局：冈部到达β线后，和这条线的铃羽会面。铃羽将未来冈部提出的作战告知他，让他坐时间机器回到28救助手。
最终的结局，rider留在了人间。卫宫士郎、樱、凛、rider四人生活在了一起，春天一起去赏花。
α线：上铃羽结局：凶真和铃羽一起回到1975年。琉华结局：真由里死去，凶真带着愧疚和琉华一起生活，结婚生子。