在早饭以前的时间共同实行了攻击本能寺的作战，并且散布”明智光秀谋反”的谣言，当真正的光秀军队出现在京都时，不，是被他们引诱出来的，一边放火烧了本能寺逃走，一边在京都到处宣称是光秀干的，於是当光秀发现事情已经无法挽回时，只得继续实行三人的秘谋。
如果光秀想要夺取天下的话，就一定有协力者的存在。关于协力者的问题，会留到后面再说。前途不安说信长在本能寺之变前两年追放了家中重臣佐久间信盛父子和家老林通胜。对于明智光秀，信长则通过朝廷赐以九州名族惟任姓，并叙任日向守。
火烧比睿山城延历寺，信奉佛教的明智光秀见到织田信长如此残忍的手段，心中肯定已对织田信长有所不满。丹波国的内乱，由当地大名波多野秀治发起，明智光秀被织田信长大骂一顿后又被削减领地，心中肯定已对织田信长更加不满。
主因，主要有野心、宿怨和求生三种猜测。 首先解释野心说。本能寺之变后，光秀立刻控制京都、安土城等要地，然后写信与毛利辉元、上杉景胜等战国大名联络，要他们牵制羽柴秀吉和柴田胜家的兵马，使其不得回师畿内。同时，他还四处劝诱信长的旧日部属，如筒井顺庆、细川藤孝等人，要他们和自己共同行动。
结果 在内外原因下，天时地利的本能寺之变爆发了 光秀当上了将军，但没有大名响应，几天后被秀吉讨伐而死，故称“三日天下” 这个说法是桐野作人（历史作家）所提出 光秀讨伐信长的最大动机，其实是阻止信长篡夺皇位的野心，与朝廷内的「反信长神圣同盟」订立密约的光秀，其实是真真正正的勤王主义者。
光秀合谋造反，不过秀吉欺骗光秀，于本能寺之变后打倒光秀，原因是秀吉没有理由以极快的速度由中国地方返回京都。但由于秀吉正在中国地方与毛利军作战，当 时听闻主公信长惨死，于是先与毛利议和，逼城主清水宗治切腹，而后以急行军的速度赶回京都，与明智光秀决战于山崎会战。
1、本能寺之变发生在日本天正10年6月2日（公历年6月21日），织田信长的得力部下明智光秀在京都的本能寺中起兵谋反，杀害其主人信长。几近统一日本，结束战国乱世的织田信长殒命，日本历史也由此被改写。
2、当明智光秀从织田信长那里得到了丰臣秀吉在征伐中国地区时的援助请求时，明智光秀就有了从坂本往京都调动军兵的合理名义，即使远征中的各方诸将在战场上得知本能寺之变，也需要一段时间才能到达京都，为明智光秀的本能寺之变创造了绝妙的机会。
3、织田信长在一生当中最辉煌的也是他最危机四伏的时候；在他正要准备扩展他的事业时，却发生了一件惊天动地的事件，那就是骇人惊闻的“本能寺之变”。本能寺之变发生在日本天正10年6月2日（公历1582年6月21日），织田信长的得力部下明智光秀在京都的本能寺中起兵谋反，杀害其主人信长。
明智光秀发动本能寺之变，杀死其主公织田信长，是影响了日本历史数百年的一件大事。关于光秀造反的原因，长期以来，都采用了织田信长屡次粗暴对待其明智光秀，甚至当众殴打他，令他怀恨在心的说法。
光秀、秀吉、家康三人同谋说 这个说法以大浦章郎（小说家，历史研究家，代表作为”龙马暗杀之真相”）为代表 一直以来都认为明智光秀基於对信长的怨恨，加上自己想取得天下的野心，发动了本能寺之变，但是在事件之后明智光秀后续的行事却令人费解。
而这是身为源氏的明智光秀，不愿意看到的局面。 此后，光秀就一直在等待时机，终于信长命其支援中国的秀吉，信长又带着很少的随从宿在本能寺。 于是，本能寺之变发生。 朝廷关系说 天正十年（１５８２年），织田信长灭武田家，毛利辉元的降伏也只是时间问题。信长统一日本的时间不远了。
光秀是虔诚的佛教徒。早在当年围攻比叡山延历寺时，光秀就苦谏信长不要烧山。信长置之不理？ 二。光秀 不善饮酒，但信长发酒疯时不管三七二十一，硬灌光秀几大碗？ 三。攻打丹波藩国波多野家的时候，信长杀害前来请降的波多野氏兄弟，导致光秀作为人质的母亲被波多野家杀害？ 四。
没想到，仅仅两星期后就发生惊天动地的大事—六月二日的「本能寺之变」。消灭信长的明智光秀，原本是负责安土城飨宴事宜的人。传说这件事也成为谋反的导火线。 本能寺之变真相的推理 关于明智光秀谋反的动机众说纷纭，目前比较合理的说法是，因为信长改变对四国的政策所导致。
明智光秀本计划周到细心地招待家康，但是准备的菜肴中有恶臭的气味（亦有说因准备材料因天气关系而发出非腐烂的自然味道，信长在巡查厨房时发现，但不接受光秀解释，且褫夺其飨宴奉行一职）。信长怒道“你打算拿烂掉的菜来招待吗？”撤掉了菜肴，并罢免了光秀的接待职务。
也不能说是出于个人利益，有很多原因在里面，也没有一个史学家肯定的说是哪件事直接导致光秀的背叛，大多都是如下几点，第一点：信长斥责了光秀私下和波多野的和谈，导致了光秀母亲的死亡。第二点：臭鱼事件，信长在宴请德川家康等人时吃出一条臭鱼，当众人面对光秀大打出手。