三神柱： 从吉纳镇往左游，途中有一个被急流四周环绕的深水区域，潜下去，见到一个海底小洞，游出去，在尽头的暗礁处发现一行不明文字。浮上来，来到一个古迹，走到一块写着不明文字的地方，叫出学过TM28（钻地洞）的精灵，发现一个大洞。
先去134路，到一块在急流里可以潜水的地方，到洞底，阅读墙上的文字，再使用挖洞（造穴），门会打开。进门，阅读文字，把321号精灵放在第一位，把369号精灵放在最后再读一遍，会发生地震，所有神柱的门会打开。
调查尽头的石板后用挖洞，会出现一个洞，进去后把地图石鱼放在第一个，巨鲸放在最后，调查尽头的石板后会有地震。地震完之后离开这里去捉三神柱。岩柱（雷兽）：沙漠下方的一个小山洞，调查尽头的石板后向右两步在向下两步并用怪力术，石板便会打开一个洞，进去便可。
遗迹？是说三神柱吧。是有六块岩石围绕的地方。要想进去，必备NO369号化石鱼和NO321号鲸鱼王，去吉钠镇，从PC屋左边下水，向左找到六块岩石围绕的地方潜水下去。进洞再浮上来，走到洞穴的尽头，使用28号技能可以凿开墙壁。
玩家只要获得沙尘护目镜之后就可以通过沙漠了。沙尘护目镜要等到打完飞音镇道馆之后，出道馆的时候副主角赠送。要去飞音镇的话首先得打完银叶市道馆，然后去商店右边的屋子里获得碎岩术，之后银叶市往上走到112号道路，穿过热焰小径和113号道路到达哈吉镇。
1、地震完之后离开这里去捉三神柱。岩柱（雷兽）：沙漠下方的一个小山洞，调查尽头的石板后向右两步在向下两步并用怪力术，石板便会打开一个洞，进去便可。冰柱（土雷兽）：105水道的左边的一个小山洞，调查石板后原地不动地站两分钟，石板便会打开一个洞，进去抓。
2、岩雷极：按照上述方法以后，在沙漠中发现一个洞，在不明文字处向右、向右、向下、向下，在那里使用推石头，机关就会打开，里面有抓岩雷极。冰雷极：按照上述方法以后，在105号道路发现一个洞，顺时针绕一圈，机关就会打开，里面有抓冰雷极。
3、继续前进来到日川市。日川市的训练馆门前不知有什么东西挡住，无法进去，只好继续赶路。 在120号道路的桥上会再次遇到代后，他告诉你那种透明的东西是隐身龙变的，并给你一瓶可令隐身龙显身的喷雾剂，让你击败前面的隐身龙（30级）。回到日川市，对训练馆门前的隐身龙使用喷雾剂即可进去。
4、NO.377（雷吉洛克）：释放遗迹后的111号道路。NO.378（雷吉艾斯）：释放后的105号水道。NO.379（雷吉斯奇鲁）：海底释放后的120号道路。NO.400（雷吉奇卡斯）：抓完三神柱后的海底遗迹。
先去134路，和RS里一样，到一块在急流里可以潜水的地方，到洞底，阅读墙上的文字，再使用挖洞（DIG），门会打开。进门，到了最深处的墙上，阅读中间墙上的文字，把321号放在第一位，把369号放在最后再读一遍，会发生地震，所有神柱的门会打开。
水跃鱼：火雉鸡：木守宫：我感觉三主兽里木守宫分布最广，水跃鱼最好抓。反正三主兽比地图鱼好抓多了，呵呵 还有其他主兽：妙蛙，小火龙，菊草叶，火球鼠我都遇到过，小火龙碎岩得到，妙蛙在图中左边的草丛里随便遇 菊草叶我是在饲育屋前的草丛里遇到的，感觉概率很低，火球鼠在火焰通道。
到暮水镇往左用冲浪术一直走会看到一个能潜水的地方，往下走到底墙上有奇怪的文字，浮上来进入一个洞穴，往前走到底用造穴，会出来一个洞，走到底调查文字，然后就可以抓三神柱了。
神兽洛奇亚和凤王需要在海紫堇哈三神柱，且分别可以在沙漠遗迹、岛屿洞穴、古代坟墓、水都兄妹的游戏剧情中可以捕捉到，只要成功通关就可以捕捉到相应的神兽。
到绿洲城，找到在西北角的路标，跟随指引到达维京人的营地。接受达维京人发布的任务。完成维京人的任务后，会得到一个魔石。找到五个符文，放在指定位置。解开谜题就可以打开遗迹山谷的门。
具体方法：先回到第五个岛屿，上面有个回忆之塔。接着坐船来到第六个岛屿上面。从右边冲浪到遗迹山谷。穿过绿色小径，通过森林。尽头有一个洞穴，现在没有什么东西。回到六之岛向下来到这里，使用一字斩门就开了。
点之穴（日文：てんのあな，英文：Dotted Hole）是火叶中遗迹山谷里的一个洞窟，在洞窟里可以找到蓝宝石。红蓝宝石一起放在阿锦的机器上，就可以与丰缘地方通信。 火箭队的研究员澄夫偷走了蓝宝石，他会守在点之穴门口，直到玩家在冻瀑洞窟击败了那里的三名火箭队队员。
1、先去岛7吧，在中间偏下的草丛处我们发现了一个洞口，进去后把石头都推进坑里听见一阵响声……继续下去，到下面后发现有许多小房子，进去后发现有未知图腾！原来这儿是图腾遗迹。回到岛6，在岛6的下方发现有一个铁做的门，对着门使用秘传机01居合斩后便可开门。
2、口袋妖怪火红遗迹山谷门需要用到（岩主）的E。沿着路往遗迹走。来到三个建筑物的中间，阅读碑文触发任务。然后，建筑物两边的门就打开了。
3、新岛4冰窟、新岛5迷宫山洞、新岛6变化山洞都有自己的山洞尽头，（岛6还有个入口，当然需要E-CARD才能触发），目前发现在山洞尽头遇到的精灵很稀有，例如新岛4冰窟尽头能遇到急冻鸟、冰神柱和迷唇姐 如果没有e-card卡的话就不用想了。
4、对大门用居和斩（秘技01）大门就会开 石室是在7岛尾巴山洞穴谷里推石后抓安农（NO。
三神柱： 从吉纳镇往左游，途中有一个被急流四周环绕的深水区域，潜下去，见到一个海底小洞，游出去，在尽头的暗礁处发现一行不明文字。浮上来，来到一个古迹，走到一块写着不明文字的地方，叫出学过TM28（钻地洞）的精灵，发现一个大洞。
在阿田市附近海上有个形状规则的阴影，用潜水术下去，前进，会看到一个入口。进去会看见被抢的潜艇，再用潜水浮上去，会看到陆地。向前走就行了。
第一步：在126号水道的海底的水草中遇“地图石鱼（花刺）”（比较稀有）。第二步：在海边用中/高级钓竿钓“皮皮鲸”，并练到40级进化成“巨鲸”（也可直接抓巨鲸）。第三步：得到TM28“挖洞”并给精灵学。第四步：把上面所说的精灵都带上。好了，准备工作都做完了。