1、仙剑奇侠传三外传的主要剧情是围绕南宫煌、温慧、王蓬絮等人的冒险展开的，他们为了寻找五灵珠而踏上旅程，途中不断遭遇各种挑战和敌人，最终成功拯救了里蜀山和人界。在游戏中，南宫煌是一位半人半妖的少年，他因为身世的特殊而备受排挤和歧视。
2、仙剑奇侠传三外传主要讲述了王蓬絮和星璇之间的感人故事，以及他们与其他角色的互动和冒险。游戏以王蓬絮的视角展开，她是一个身世成谜的少女，拥有着变身为各种小动物的能力。在游戏中，王蓬絮与星璇相识，两人共同经历了许多冒险和挑战。
3、兵刃相接，数个回合下来，徐长卿受伤，被紫萱搭救，而这份跨越三世的宿缘也因此契机而展开，此时的时间为仙剑外传故事发生的19年前…… 第一章 年少不惧江湖老 放歌四海任逍遥 话说“仙剑三”故事发生的数年之后，徐长卿成为蜀山派的新一任掌门，在他的经营之下，蜀山派在江湖上名声远播，门派的规模也今非昔比。
主要剧情：《仙剑奇侠传三外传》以三代中紫萱设计徐长卿的锁妖塔事件为引子而展开；连接前代的人物纷纷登场；蜀山的天道使命与责任也逐渐呈现。由于未知的原因导致蜀山仙境开始崩坏，地脉门户大开。前往探查的蜀山长老及弟子，被地脉中抵克蜀山仙术的瘴气化去功力，苦战不敌妖众，悉数殒命。
打通水属性地脉时传送到施洞女娲庙时，看完主线剧情出去再进来会有2位小孩对话内容祈求保佑老婆婆，说完便去唐家堡，另一边的出口（麦克那只狗附近），会遇见圣姑跟青儿，跟他们对话，要请你送信给徐掌门求药，再回蜀山找徐掌门拿药，拿到后回原地找青儿。
《问情篇》以发生在《仙剑奇侠传三》故事之前的一个事件作为引子，将长达19年的一段恩怨情仇娓娓道来。男主角南宫煌的父亲赤炎乃是从锁妖塔中逃出来的狼妖，与蜀山女弟子丝缎一起隐居于山野，但终究没有逃过仇家的追杀。
一共三个结局：温慧结局：（在煌去找絮儿吐露心事时王蓬絮好感度高于温慧） 星璇死去后温慧问煌在她和蓬絮中更喜欢谁，煌说是蓬絮。于是她决定回家，依父亲、朝廷所愿，到室韦和亲，叫煌不要忘了她在蜀山故道上说的话。
温慧是不会死的，三个结局中的温慧结局，温慧是嫁到室韦了；蓬絮结局里，温慧和南宫成了一对；完美结局（或称为“隐藏结局”）当然在最好的，温慧和南宫，蓬絮和星璇最终都能厮守终生。
三个结局。温慧结局：温慧远嫁边疆，南宫煌带着五毒兽（逢絮）去温慧那里做官。逢絮结局：星旋死了，逢絮哭坟，南宫煌为星旋招魂，使逢絮和星旋相聚 完美结局：顾名思义，大家都平安无事一起生活，逢絮变回了五毒兽形态。
结局 雪见结局：雪见好感度要高，小葵、花楹、紫萱不能太高。铸剑时选“镇妖剑”，之后与重楼在新仙界一战，战败。景天到处会找雪见，最后再一个村庄内找到，长乡厮守。小葵结局：小葵好感度高，其他不能太高。铸剑时选“魔剑”，之后新仙剑之战要被打败。
结局剧情：战胜物死了燎日，王蓬絮牺牲自己的修行，用五毒珠治好了星璇，星璇也可以来到人间，与南宫煌一家人一起生活，而王蓬絮虽然每天只能有一刻变回人形，但是只要坚持修行，很快便可以恢复。从此南宫煌、星璇、温慧、王蓬絮变的小桃子以及老爹常纪，一家人幸福地生活在一起。
有3个结局，详细如下——王蓬絮结局 取决条件：温慧的好感度高于王蓬絮，摄灵法阵使用不足360次。最后王蓬絮加入队伍，雷元戈独自离去。决战队员：南宫煌、温慧、星璇、王蓬絮。最终思堂、星璇相继牺牲，后南宫煌帮星璇还魂。