背景剧情讲，千万年前，地球上的章鱼进化了，成为了地球上第一个出现的智慧种族，等章鱼们的发展出太空科技后，不知什么原因全种族就离开地球了，只在地球上留守下了一个基地，和一个通讯站，并且封闭，留守人员也进入沉睡，为将来的回归做准备。NNN年后，猴子进化成了人类。
主要是人类抵抗外星人，要寻找一个科学家，因为这个科学家掌握了一些关于外星人的秘密消息，可以通过这个科学家所掌握的消息完全抵御外星人。在孤岛1中，这个科学家被带走保护起来了，所以续作的目的就是找到他。全部任务都围绕这个进行。
孤岛危机2的剧情主要围绕着外星生物塞可入侵地球并试图摧毁人类文明的故事展开。在孤岛危机2中，玩家扮演的角色是一名特种部队成员，被派往一座被塞可生物占领的孤岛上执行任务。随着游戏的进行，玩家逐渐了解到塞可生物的背景和目的。
《孤岛危机2》主要简单介绍了本作的剧情背景，故事发生在2023年，距初代3年后的一场战役，外星人大举入侵，伦敦、东京和里约热内卢都遭到攻击，几乎所有生命都被摧毁。死亡人数每天递增。外星人向这些星球发射出探针，像陨石一样坠落到地面，给周围造成巨大弹坑。
孤岛危机2作为《孤岛危机》的续作，使用了升级版的CryENGINE 3引擎。此游戏将外星人入侵作为主要剧情，与前作不同，外星人侵入了世界各地，改变了环境，幸存的人类必须团结起来对抗入侵者。游戏背景从孤岛转移到了纽约，还引入了神秘的Crynet公司，与前作相比，游戏内容和环境更加凶险刺激，画面清晰真实。
孤岛危机2作为《孤岛危机》的续作，使用了升级版的CryENGINE 3引擎。此游戏将外星人入侵作为主要剧情，与前作不同，外星人侵入了世界各地，改变了环境，幸存的人类必须团结起来对抗入侵者。游戏背景从孤岛转移到了纽约，还引入了神秘的Crynet公司，与前作相比，游戏内容和环境更加凶险刺激，画面清晰真实。
孤岛危机2的剧情主要围绕着外星生物塞可入侵地球并试图摧毁人类文明的故事展开。在孤岛危机2中，玩家扮演的角色是一名特种部队成员，被派往一座被塞可生物占领的孤岛上执行任务。随着游戏的进行，玩家逐渐了解到塞可生物的背景和目的。
剧情讲的其实是， 千万年前，地球上的章鱼进化了，成为了地球上第一个出现的智慧种族，等章鱼们的发展处太空科技后，不知什么原因全种族就离开地球了，只在地球上留守下了一个基地，和一个通讯站，并且封闭，留守人员也进入沉睡，为将来的回归做准备。NNN年后，猴子进化成了人类。
美国海军陆战队武装侦察部队乘坐鹦鹉螺号核潜艇前往纽约救援可能掌握对抗异形关键信息的前Crynet公司雇员内森·古德博士，但Ceph击沉了潜艇，三角洲部队的少校劳伦斯·巴恩斯（先知）救起了一位士兵阿卡特兹，因其自身感染异形的“曼哈顿病毒”，所以先知被迫脱下纳米战斗服给阿卡特兹穿上，随即开枪自杀。
其实是坏人锄大地，锄了一些外星人出来，呵呵，所以还要干掉坏人，这次是在纽约，有小boss。
接下来就是1代的剧情了，至于朝鲜怎么会有纳米服的，就看游戏公司怎么圆这个故事了，我敢打赌，他们做一代的时候根本就没有考虑到二代的剧情。
哈格里夫最终发现自己无法抵抗Ceph，于是把能够完善纳米战斗服的升级针剂交给了阿卡特兹。随后，Ceph进攻罗斯福岛，哈格里夫触发定时炸弹，让整个建筑自毁。他还说服CELL不要再与阿卡特兹为敌。阿卡特兹逃到皇后大桥时坠入水中。在曼哈顿的岸边，阿卡特兹与塔拉中尉、古德博士、战友奇诺重逢。
我也玩过孤岛危机2！据我所知，剧情讲一位纳米士兵，名叫先知，他请求支援队来协助他抗击外星人，结果支援队的潜水艇没外星人击毁，先知为了不知什么原因，把自己的纳米盔甲给了一位奄奄一息的支援队的士兵，最后自杀。
代原版的主角叫诺曼，1代原版中可以看见先知和光头 诺曼在2代之前已经死了，2代故事发生在1代之后。2代中，先知感染了病毒，肉体已经不行了，所以他把自己意识保留在纳米服里，把纳米服托付给了2代的主角，然后自杀。
先知示意战斗并没有结束，希望阿卡特兹继续战斗下去—阿卡特兹从废墟中以先知之名重生（二代结局）。阿卡特兹继承了先知的意志，以先知自称，继续对付除纽约城以外的ceph。
1、通篇剧情讲的其实是，千万年前，地球上的章鱼进化了，成为了地球上第一个出现的智慧种族，等章鱼们的发展处太空科技后，不知什么原因全种族就离开地球了，只在地球上留守下了一个基地，和一个通讯站，并且封闭，留守人员也进入沉睡，为将来的回归做准备。NNN年后，猴子进化成了人类。
2、危机就两部，都是讲的一件事，1代是主线剧情，和北韩打的，最后和外星人打。2代（弹头）是支线剧情，讲一名队员（赛可），自己发生的事件，算是小插曲。其实严格来说弹头不算2代，只是资料片而已。没有三代，这是肯定的。论剧情肯定1代好，但2代优化不错，画面可以开的更好。
3、孤岛危机1和弹头是故事的起源，讲述了初级接触非人类文明的故事 孤岛危机2发生在1和弹头的两年后，纽约被高科技文明攻陷，1代主角所在的特种部队的队长（代号“先知”）为了揭露真相在死前将纳米强化服托付给了2代的主角。
4、再是孤岛危机2，发售：2011年。然后是孤岛危机：残骸，发售2012年，这是非官方的！只是网友制作的一个比较优秀的mod.最后是孤岛危机3，发售：2013年。剧情方面，孤岛危机1和弹头是同时发生的，1的结尾再接到官方漫画再接到2，2再接到3。
5、孤岛危机2的主战场因此改变至纽约，同时更有神秘势力Crynet出现，孤岛危机2的世界将比起原作更加的凶险和刺激，画面更加清晰真实。
6、目前有《孤岛危机》及《孤岛危机：弹头》两部。《孤岛危机》故事讲述的是：地球，2019：一颗庞大的小行星在地球坠毁。北韩政府迅速封锁了事发岛屿，并且声称这颗小行星归属北韩。美国也立即派遣了一个三角洲精英小组前往观察形势。
剧情：地球，2019：一颗庞大的小行星在地球坠毁。朝鲜政府迅速封锁了事发岛屿，并且声称这颗小行星归属 朝鲜。美国也立即派遣了一个三角洲精英小组前往观察形势。就在美朝政府关系日益紧张之际，神秘的小行星突然爆开，飞出一只高度2km的超大外星飞船。
诺曼在2代之前已经死了，2代故事发生在1代之后。2代中，先知感染了病毒，肉体已经不行了，所以他把自己意识保留在纳米服里，把纳米服托付给了2代的主角，然后自杀。3代中，纳米服升级了，并且吞噬了2代的主角，将它转化为了先知的肉体，先知完全复活。
剧情讲的其实是， 千万年前，地球上的章鱼进化了，成为了地球上第一个出现的智慧种族，等章鱼们的发展处太空科技后，不知什么原因全种族就离开地球了，只在地球上留守下了一个基地，和一个通讯站，并且封闭，留守人员也进入沉睡，为将来的回归做准备。 NNN年后，猴子进化成了人类。
阿卡特兹死在纳米服里了，先知的意识其实一直在纳米服里，阿卡特兹的肉体原本就快废了，靠的纳米服维生，3代里先知的意识吞噬了阿卡特兹的意识。于是就成先知了。3代的纳米服和肉体和2代一样的，但是意识变成先知了。
孤岛危机1和弹头的剧情几乎是同时发生，两位主角在同一小岛分头行动。在1里还能和弹头的主角合作做一个任务。