爸爸会给你一张船票，以后就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之后看电视，上面说有不明精灵在芳园地区飞行，妈妈问你是蓝水督还是红水督，你选择哪只，以后就会遇到哪只水督。走出屋子，博士会帮你把图鉴升级为386版，之后在芳园地区就可以抓到金银版的精灵了。
通关后在地图上除房屋、洞穴外任何地点都可遇到，一遇到就会逃跑，红宝石是拉帝欧斯，蓝宝石是拉帝亚斯，另一只水都需要到日本看剧场版《水都的守护神》得到去南岛的船票抓到。 基拉祈： 去日本看剧场版《七夜的愿望星》得到。 铁哑铃： 通关后去道谷市大悟的家得到。
神奇宝贝绿叶全攻略：研究所。这是开头出现的一个场所，在这里你要迎接博士孙子的小小挑战，战胜他应该是很容易的，我们要充分利用这样的战斗机会进行各种物品的收集。
在下面一层发现了红宝石，拿到后回PC屋的博士那里，把红宝石交给博士后。但是据博士说，想让机器发动还需要蓝宝石，于是到港口坐快艇来到第4座小岛。刚一踏上小岛，劲低又出现了，不过这次并没有和主角交手（识时务）。在岛上也有妖怪寄养所，而且可以养两只，放两只不同性别的妖怪后不久就可以生蛋。
在下面一层发现了红宝石，拿到后回PC屋的博士那里，把红宝石交给博士后。但是据博士说，想让机器发动还需要蓝宝石，于是到港口坐快艇来到第4座小岛。 刚一踏上小岛，劲低又出现了，不过这次并没有和主角交手（识时务）。在岛上也有妖怪寄养所，而且可以养两只，放两只不同性别的妖怪后不久就可以生蛋。
1、序章，开始游戏后先决定性别，名字之后来到天元镇的家，上2楼调时钟后发生剧情。之后去隔壁的屋的2楼找对手，对话后去上面的森林看见博士被土狼犬追，然后去背包里3选1只PM。之后打倒LV2的土狼犬，回到博士的研究所，送你刚选的那只PM。
2、去一趟卡依市，就是当时送信的城市。飞过去后。来到码头，发现潜水艇被抢了。现在只好再飞回刚才的地方，再进那个山洞，发现洞中没人档道了。进去吧！蹦来蹦去，终于找到头目了，打胜了之后竟然又跑了，真不要脸！不过不要着急，咱们先出去。
3、到外部去解救被水之团包围的一对老夫妇，击退火之团 （ 蓝宝石里是水之团 ） 后老夫妇会送给主角一件道具。4 然后到海滨小岛（第二次坐船来到的地方）有潜水艇的码头，会发现潜水艇被火之团 （ 蓝宝石里是水之团 ） 盗走了。
4、首先选择男/女主角，你的对手将是跟你性别相反的人物。给主角起好名字后就可以进入芳园地区啦。 首先，你会出现在天元镇的一辆小货车里。下车后，妈妈让你上楼去调整时钟。调好后下楼，妈妈说博士就在这儿，让你去找他。来到隔壁的房间，上楼后调查一个精灵球，你的对手就会出现。
5、口袋妖怪始源蓝宝石攻略，大家一起来看看吧。主角搬到位于 未白镇（ミシロタウン、Littleroot Town）的新家后，先上2楼调整时钟。
6、雷公、炎帝、水君：捕获地点：无踪森林Trackless Forest （卡纳兹市Rustboro city附近）；出现条件：队伍中携带凤王或洛奇亚。洛奇亚、凤王：捕获地点：海紫堇（废弃船，需冲浪潜水）；出现要求：击败原始固拉多/原始盖欧卡剧情之后。裂空座：Lv70 通关后Delta章获得；出现地点：天柱顶端。
1、道具金手指 只能通过修改在商店里购买的物品来获得道具，修改方法如下：在道吉镇的商店买物品，选好购买数量后，等服务员问你是否要买下道具时，不要急着按A，先输入下面这条金手指：03005B72：XXXX是物品的代码（见下表），输入后买下道具，之后删除金手指就可以了。
2、在精灵中心右边的屋子里可获得一辆自行车，有快速自行车和跳跃自行车两种，分别有不同的功能，以后可随时来换车。在右下角的屋子里可获得秘传机06碎岩。往左走是117号道路，这里有饲养屋，可放精灵到这里生蛋。继续前进就到西达镇了。 在西达镇的上方有条隧道，把路上的岩石用碎岩劈掉后可获得秘传机04怪力。
3、战胜后从AAA手上得到SUPER BALL。继续走，发现北边是Exit，东面却被2棵树挡住（劈树机器呀，你在哪里？）……出去再说吧。 注：Sapphire版是水（アクア）兵团的人。 出去后还是R-104。跟左边的人对话能得到TM09，去左上角花店能得到ホエルコ喷壶和一颗树果。往上走过桥，去右边找老婆婆又能得到一颗树果。
4、GBA《口袋妖怪红宝石、蓝宝石》攻略 刚进入游戏，必须先选择好主人公男女性别，如果你是选择的男，那么你的对手（也就是博士的孩子）就会是女，反之亦然。然后取好你喜欢的名字，就开始游戏了。